Linh mục Nguyễn Ngọc Phi được Tổ chức kỷ lục Việt Nam (VietKings) xác nhận và cấp giấy chứng nhận đã lập 4 kỷ lục Việt Nam với các đề tài:

1. Viết: "Truyện tình toàn chữ T có số lượng từ T nhiều nhất gần 9.000 từ”. (Ngày xác nhận 23 tháng 4 năm 2013)[8]
2. Linh mục viết truyện ngụ ngôn nhiều nhất. (Ngày xác nhận 23 tháng 6 năm 2016)[9]
3. Viết: "Sách Trò chơi trí tuệ cao cấp có nhiều chìa khóa mở mật mã nhất”. (Ngày xác nhận 23 tháng 6 năm 2016)[4]
4. Người biên soạn sách 'Phương pháp đệm đàn Organ theo số ngón tay" để học đệm đàn Organ với thời gian học ngắn nhất. (Ngày xác nhận 06 tháng 5 năm 2017).

Với những kỷ lục về văn hóa có giá trị nội dung cao, góp phần phát triển cho nền văn minh nhân loại, ngày 06/5/2017 Linh mục Phêrô Maria Nguyễn Ngọc Phi được Hội đồng Giáo sư Đại học Kỷ lục Thế giới (World Records University) trao bằng Tiến sĩ danh dự (Honorary Doctorate) với luận án: “Advanced Intellectual Games with Most Keys to Unlock the Code”.

Ngày 18/6/2017, ông đã vinh dự được Trung ương Hội Khoa học và Công nghệ Việt Nam trao bằng khen và cúp “Trí thức Việt Nam tiêu biểu” chương trình được tổ chức tại Thủ đô Hà Nội và truyền hình trực tiếp trên kênh VTC2.

Ông đã nhận được huy chương thường niên Tòa Thánh (Medaglia Pontifcia) vào ngày 13 tháng 10 năm 2002, tại Đà Nẵng.

Ngày 16/12/2017, ông đã vinh dự được Chủ tịch Liên hiệp UNESCO Thế giới trao Certificate và cúp vàng, cùng danh hiệu "Vì sự nghiệp Giáo dục, Khoa học và Văn hóa" theo tiêu chí UNESCO tại Thủ đô Hà Nội và nhiều phần thưởng cao quý khác...

Bên cạnh đó, ông còn vinh dự được ghi danh là một trong 200 Trí thức xuất sắc vào ấn phẩm "Việt Nam ALMANAC" do Tổ chức Kỷ Lục Việt Nam ấn hành và là một trong 100 Nhà Sáng nghiệp trong ấn phẩm quốc tế "Founder in Viet Nam and The World" do Liên hiệp UNESCO phát hành rộng rãi đến độc giả trong nước và quốc tế.